Die Naturfreunde engagieren sich in vielfältiger Art und Weise für den Schutz des Wassers sowohl als Lebensgrundlage des Menschen als auch als unentbehrliche Ressource für intakte Ökosysteme. Die internationale Zusammenarbeit ist dabei ein wesentliches Element, wie sich auch im Rahmen der aktuellen Diskussion über den freien Zugang zu Wasser zeigt: So hat die drohende Privatisierung der Wasserversorgung in der Europäischen Union nicht nur die Kritik der europäischen Umweltverbände nach sich gezogen, auch Millionen verunsicherte Bürgerinnen und Bürger haben sich gegen eine drohende Unterwerfung der Wasserbewirtschaftung unter die Binnenmarktregeln organisiert und ihrem Anliegen mit der Europäischen Bürgerinitiative "Wasser ist ein Menschenrecht" eine gemeinsame Stimme verliehen. "Wasser ist ein ökologisches Gut und keine Handelsware", so Manfred Pils, Präsident der Naturfreunde Internationale, die diese Bürgerinitiative mit ihrem Netzwerk von rund 500.000 Mitgliedern in 45 Ländern unterstützen und die Europäische Kommission auffordern, einen Gesetzesvorschlag vorzulegen,"der das Menschenrecht auf Wasser und sanitäre Grundversorgung entsprechend der Resolution der Vereinten Nationen durchsetzt und eine funktionierende Wasser- und Abwasserwirtschaft als existenzsichernde öffentliche Dienstleistung für alle Menschen fördert".
Darüber hinaus fordern die Naturfreunde gemeinsam mit dem Europäischen Umweltbüro (EEB – European Environmental Bureau) eine Verankerung von Wasserschutzmassnahmen im Rahmen der Reform der Gemeinsamen Agrarpolitik (GAP) und machen gegen die massive Gefährdung des Grundwassers durch die Ausbeutung von Schiefergas und Ölschiefer mittels der sogenannten "Fracking" Fördermethode mobil. Dabei fordern die Naturfreunde im Rahmen einer öffentlichen Konsultation der Europäischen Kommission ein generelles Verbot der Förderung von Schiefergas und Ölschiefer mit den derzeitigen umweltschädlichen Methoden sowie verpflichtende Umweltverträglichkeitsverfahren mit Beteiligung der Öffentlichkeit für den Einsatz neuer Methoden. Der Schutz von Wasser und wassergeprägten Ökosystemen ist auch das Ziel der internationalen Naturfreundekampagne Wasser:Wege, die 2011 gemeinsam mit den Österreichischen Bundesforsten initiiert wurde. Im Mittelpunkt der Kampagne stehen zahlreiche Aktivitäten, die auf die Bedeutung und Gefährdung von Gewässern und wassernahen Lebensräumen aufmerksam machen und Erholungssuchende zu einem rücksichtsvollen Aufenthalt in der Natur anregen.